本作的舞臺設立在了各種各樣神話中的眾神聚集的世界，主要講述了各神話中的代表神明聚集到這個世界，商量著如何打破眾神中存在“討厭人類的問題兒”這一現狀。神明是愛護人類、被人類崇拜的存在，而神明與人類的關系變得稀薄是一件令大家擔憂的事。於是為解決這個問題，這個世界裏建起了與人類就讀的學校十分相似的“校舍”，並選出一名人類少女——草薙結衣來教會這些問題神明何為“人類”、何為“愛”……就這樣結衣與神之間的禁斷之戀正式開始